Justo detrás de la Casa de Nariño aparece esta iglesia, levantada en piedra tallada y declarada Monumento Nacional en 1975. El templo fue construido entre 1642 y 1668 en estilo colonial como parte del antiguo convento de la Orden de San Agustín. Esta iglesia ha testificado varios acontecimientos históricos de relevancia para el país. El cuerpo de la heroína Policarpa Salavarrieta, fusilada el 14 de noviembre de 1817 en la Plaza de Bolívar —entonces Plaza Mayor—, fue sepultado en dicho templo por solicitud de los sacerdotes, que lo exhumaron de la Iglesia de la Veracruz, donde había sido sepultada en una fosa común. También, allí, ocurrió la denominada Batalla de San Agustín, entre tropas del entonces presidente de la República, Mariano Ospina Rodríguez, y otras del general Tomás Cipriano de Mosquera, quien intentaba derrocarlo del poder. Justamente a causa de este episodio, ocurrido en febrero de 1862, la iglesia resultó dañada en el sector sur y perdió una parte importante de su decoración y de su archivo documental.
Otros hechos históricos tuvieron lugar en sus alrededores, que llevaron a nuevas destrucciones de algunos sectores. A partir de 1953, se sometió al edificio a reparaciones que concluyeron en periodos posteriores hasta llegar a 1986. Se recuperaron los colores y acabados más antiguos de los murales, y también una escalera que comunicaba con el convento. En un recorrido por el interior del templo se descubre un valioso patrimonio, representado en exquisitas tallas, retablos, pinturas murales y lienzos, distribuido en sus diferentes capillas. Algunas obras destacadas son la escultura de madera y metal de Jesús Nazareno, los cuadros de la vida de Jesús, María, la Sagrada Familia y San Agustín. Cuenta con una colección de pinturas sobre los espaldares y varias esculturas de yeso fijadas a la testera y al asiento prioral. El coro es el más antiguo y mejor conservado de Colombia.
Puedes llegar en TransMilenio y bajarte en la estación Museo del Oro. Debes caminar hasta la carrera 7a en dirección a los cerros orientales y girar hacia la derecha. Después de caminar seis cuadras hacia el sur, encontrarás tu destino. O puedes llegar directamente por la carrera 7a, a través de distintos medios de transporte público, y bajarte en la calle 6a.